Le monastère a été fondé en 1088 par Christodoulos, auquel l'empereur Alexis Ier Commène avait fait don de l'île, mais qui devra plus tard fuir une révolte des moines et aller se réfugier en Eubée où il mourra en 1093.
Le monastère est à l'origine de la richesse de l'île, puisque le couvent fortifié bénéficia de nombreux privilèges.
Il reçut aussi une des plus prestigieuses bibliothèques de l'époque, toujours difficilement accessible aux profanes actuellement.
En 1132, le monastère reçoit le statut impérial.
En 1157, Léontios en devient l'higoumène, après en avoir été l'économe. Il défend les privilèges du monastère face à l'empereur Manuel Ier Comnène.
Le monastère qui a été jadis peuplé de 1 700 moines, n'en compte plus qu'environ 25 de nos jours, mais son patrimoine foncier reste important puisqu'il possède la majeure partie de Patmos et des propriétés dans d'autres îles.
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